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常磐線の特急「ひたち」で使用されていた485系電車の置換えを目的として、1997（平成9）年から製造された交流直流両用特急形電車で、同年10月１日に1次車基本（7両）編成4本（計28両）を使用して「フレッシュひたち」として営業運転を開始した。 　2013（平成25）年3月16日のダイヤ改正で「スーパーひたち」「フレッシュひたち」の全定期列車がE657系に置き換わることとなったため、前日3月15日が「フレッシュひたち」での最終運行となった（定期最終列車は上野発高萩着の「フレッシュひたち67号」）。 　E657系置き換え後のE653系の処遇については、2012（平成24）年9月、2013（平成25）年より羽越本線の特急「いなほ」で使用される485系（新潟車両センター所属）の置き換え用に転用される予定であると報道され、JR東日本新潟支社は2013年6月26日付のプレスリリースで、同年秋から順次投入及び置換えを開始する旨を発表した。基本編成8本すべてが7両編成のまま順次転籍し、2014年7月12日に「いなほ」全定期列車と「らくらくトレイン村上」の置換えを完了した。 　上述転用完了後の同年8月に北陸新幹線金沢延伸開業に伴うダイヤ改正で新潟〜直江津〜上越妙高・新井間を信越本線・えちごトキめき鉄道妙高はねうまライン経由で運転する特急「しらゆき」が新設されることが発表され、2015年3月14日より運行開始された。

特急「フレッシュひたち」（１）（2012（平成24）年５月４日　上野駅にて撮影） ※2013（平成25）年３月15日でE653系での運用を終了

特急「フレッシュひたち」（２）（2012（平成24）年５月４日　上野駅にて撮影） ※2013（平成25）年３月15日でE653系での運用を終了

特急「フレッシュひたち」（３）（2012（平成24）年５月４日　上野駅にて撮影） ※2013（平成25）年３月15日でE653系での運用を終了

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2013年10月11日（金）　吹浦駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2013年10月11日（金）　吹浦駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2015年3月21日（土）　坂町駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2015年3月21日（土）　坂町駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2015年3月22日（日）　鶴岡駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2015年3月22日（日）　鶴岡駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2015年3月22日（日）　鶴岡駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2015年3月22日（日）　小波渡駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2015年3月22日（日）　小波渡駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2023年4月23日（日）　金浦駅にて撮影）

特急「いなほ」（白新線、羽越本線　新潟〜酒田・秋田） （2023年4月23日（日）　金浦駅にて撮影）